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gff文件的utr的合并排序 [復(fù)制鏈接]

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發(fā)表于 2022-07-19 11:39 |只看該作者 |倒序?yàn)g覽

合并兩個(gè)gff3一個(gè)是EVM整合三方預(yù)測(cè)（重頭預(yù)測(cè)、同源預(yù)測(cè)、轉(zhuǎn)錄組預(yù)測(cè)）得來(lái)的 evm.gff3，該文件格式如下：含有g(shù)ene,mrna,exon,cds的信息，且按照染色體和位置信息進(jìn)行的排序。chr14 EVM gene 271 990 . - . ID=evm.TU.chr14.1;Name=EVM%20prediction%20chr14.1
chr14 EVM mRNA 271 990 . - . ID=evm.model.chr14.1

arent=evm.TU.chr14.1;Name=EVM%20prediction%20chr14.1
chr14 EVM exon 876 990 . - . ID=evm.model.chr14.1.exon1

arent=evm.model.chr14.1
chr14 EVM CDS 876 990 . - 0 ID=cds.evm.model.chr14.1

arent=evm.model.chr14.1
chr14 EVM exon 499 676 . - . ID=evm.model.chr14.1.exon2

arent=evm.model.chr14.1
chr14 EVM CDS 499 676 . - 2 ID=cds.evm.model.chr14.1

arent=evm.model.chr14.1
chr14 EVM exon 271 406 . - . ID=evm.model.chr14.1.exon3

arent=evm.model.chr14.1
chr14 EVM CDS 271 406 . - 1 ID=cds.evm.model.chr14.1

arent=evm.model.chr14.1

chr14 EVM gene 43465 47546 . - . ID=evm.TU.chr14.2;Name=EVM%20prediction%20chr14.2
chr14 EVM mRNA 43465 47546 . - . ID=evm.model.chr14.2

arent=evm.TU.chr14.2;Name=EVM%20prediction%20chr14.2

另一個(gè)是從轉(zhuǎn)錄組預(yù)測(cè)提取的UTR.gff3，格式如下：只含有UTR信息
chr10 transdecoder three_prime_UTR 20357313 20358140 . + . ID=asmbl_10002.p1.utr3p1

arent=asmbl_10002.p1
chr10 transdecoder three_prime_UTR 20359576 20359752 . - . ID=asmbl_10003.p1.utr3p1

arent=asmbl_10003.p1
chr10 transdecoder three_prime_UTR 20359576       20359752       .    -    .    ID=asmbl_10004.p1.utr3p1;Parent=asmbl_10004.p1
chr10 transdecoder five_prime_UTR  20365069       20365102       .    +    .    ID=asmbl_10005.p1.utr5p1;Parent=asmbl_10005.p1
chr10 transdecoder three_prime_UTR 20367505       20367513       .    +    .    ID=asmbl_10005.p1.utr3p1;Parent=asmbl_10005.p1
chr10 transdecoder five_prime_UTR  20371655       20371704       .    -    .    ID=asmbl_10007.p1.utr5p1;Parent=asmbl_10007.p1
chr10 transdecoder five_prime_UTR  20370885       20370904       .    -    .    ID=asmbl_10007.p1.utr5p2;Parent=asmbl_10007.p1

問(wèn)題：如何將兩個(gè)文件合并，按照染色體順序排列，同時(shí)第四列按從小到大的序列排列，最終格式類似于evm.gff3那種，一個(gè)基因?yàn)榉指顓^(qū)，每個(gè)基因分割區(qū)依次的第三列依次為"gene,mRNA，exon,CDS,UTR".

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