’求助�。�！求助！��！文件匹配輸出特定的內(nèi)容‘

little_joe

Query= NP_418697.1-1
...
Query  34   NNICERAIRPVVMGRKAWLFAGSLVAGNRAAQIMSLLGT---------AVWSHMLGWRTS  84
            NNI E A+R V +GRK +LF GS   G R A + SL+GT         +   H+LG   
Sbjct  57   NNIAENALRAVSLGRKNFLFFGSDHGGERGALLYSLIGTCKLNDVDPESYLRHVLGVIAD  116
文件A是81的話，Query行取值應(yīng)該為W，Sbjct行則取對應(yīng)的V，謝謝您。
也就是說當(dāng)Query行出現(xiàn)“-”不會影響數(shù)值匹配，但是如果Sbjct行出現(xiàn)“-”則Query對應(yīng)的Sbjct則會發(fā)生變化回復(fù) 39# sunzhiguolu


   

sunzhiguolu

回復(fù) 40# little_joe
再試下,

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. sub collect_data{
   
6.     my (%ha, %hFilt, $id);
   
7.     open (my $fhA, '<', shift);
   
8.     while (defined (local $_ = <$fhA>)){
   
9.         if (/\A(\D\S+)/){
   
10.             %hFilt = () if (!exists $ha{$1});
    
11.             $id = $1;
    
12.             next;
    
13.         }
    
14.         s/\s+\z//;
    
15.         push (@{$ha{$id}}, $_) if (!$hFilt{$_}++);
    
16.     }
    
17.     close ($fhA);
    
18.     \%ha;
    
19. }
    
20. 
    
21. sub compare{
    
22.     my ($id, $rh, @aData) = (@_);
    
23.     my %hStat;
    
24.     foreach my $v (@{$rh->{$id}}){
    
25.         foreach my $V (grep {$v >= $_->[0] && $v <= $_->[2]} @aData){
    
26.             my ($cnt, $leng) = (0, $v - $V->[0] + 1);
    
27.             if ((local $_ = substr ($V->[1], 0, $leng)) =~ /-/){
    
28.                 $cnt = s/-//g;
    
29.                 $cnt += length ($1) if (substr ($V->[1], $leng) =~ /\A(-+)/);
    
30.             }
    
31.             my @aChars = split (//, $V->[4]);
    
32.             next if ($aChars[$v - $V->[0] + $cnt] eq '-');
    
33.             $hStat{$aChars[$v - $V->[0] + $cnt]}++;
    
34.         }
    
35.     }
    
36.     if (%hStat){
    
37.         print "$id\t";
    
38.         print "$_:$hStat{$_}\t" for keys %hStat;
    
39.         print "\n";
    
40.     }
    
41. }
    
42. 
    
43. my $rha = collect_data (shift);
    
44. 
    
45. open (my $fh, '<', shift);
    
46. my ($Flag, $Offset, $ID, @aData) = 0;
    
47. while (defined (local $_ = <$fh>)){
    
48.     next if (/\A\s*\z/ or !/\A(?:Query|Sbjct)/);
    
49.     if (/\AQuery=\h+(\S+)/){
    
50.         compare ($ID, $rha, splice (@aData)) if (@aData);
    
51.         exists ($rha->{$1}) ? do {($ID, $Flag, $Offset) = ($1, 1, -1)} : ($Flag = 0);
    
52.         next;
    
53.     }
    
54.     next if (!$Flag);
    
55.     if (/\A(Query|Sbjct)\h+(\d+)\h+(\H+)\h+(\d+)/){
    
56.         push (@{$aData[$1 eq "Query" ? ++$Offset : $Offset]}, $2, $3, $4);
    
57.     }
    
58. }
    
59. close ($fh);
    
60. compare ($ID, $rha, splice (@aData)) if ($Flag);
    

復(fù)制代碼

perl abc.pl a b
---------------------------------
NP_415088.1-1   W:4
NP_415560.1-1   S:1
YP_025310.1-1   V:1     S:1
YP_588459.1-1   N:1     K:1
YP_002791252.1-1        S:1
NP_418697.1-1   W:7     V:7

little_joe

非常感謝�。� 回復(fù) 41# sunzhiguolu


   

sunzhiguolu

回復(fù) 42# little_joe
用這個處理一下你的實際文件, 應(yīng)該沒啥問題了.

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. sub collect_data{
   
6.     my (%ha, %hFilt, $id);
   
7.     open (my $fhA, '<', shift);
   
8.     while (defined (local $_ = <$fhA>)){
   
9.         if (/\A([a-z]\S+)/i){
   
10.             %hFilt = () if (!exists $ha{$1});
    
11.             $id = $1;
    
12.             next;
    
13.         }
    
14.         push (@{$ha{$id}}, $1) if (/\A\s*(\d+)/ and !$hFilt{$1}++);
    
15.     }
    
16.     close ($fhA);
    
17.     \%ha;
    
18. }
    
19. 
    
20. sub compare{
    
21.     my ($id, $rh, @aData) = (@_);
    
22.     my %hStat;
    
23.     foreach my $v (@{$rh->{$id}}){
    
24.         foreach my $V (grep {$v >= $_->[0] && $v <= $_->[2]} @aData){
    
25.             my ($cnt, $leng) = (0, $v - $V->[0] + 1);
    
26.             if ((local $_ = substr ($V->[1], 0, $leng)) =~ /-/){
    
27.                 $cnt = s/-//g;
    
28.                 $cnt += length ($1) if (substr ($V->[1], $leng - 2, 1) eq '-' and substr ($V->[1], $leng) =~ /\A(-+)/);
    
29.             }
    
30.             my @aChars = split (//, $V->[4]);
    
31.             next if ($aChars[$v - $V->[0] + $cnt] eq '-');
    
32.             $hStat{$aChars[$v - $V->[0] + $cnt]}++;
    
33.         }
    
34.     }
    
35.     if (%hStat){
    
36.         print "$id\t";
    
37.         print "$_:$hStat{$_}\t" for keys %hStat;
    
38.         print "\n";
    
39.     }
    
40. }
    
41. 
    
42. my $rha = collect_data (shift);
    
43. 
    
44. open (my $fh, '<', shift);
    
45. my ($Flag, $Offset, $ID, @aData) = 0;
    
46. while (defined (local $_ = <$fh>)){
    
47.     next if (/\A\s*\z/ or !/\A(?:Query|Sbjct)/);
    
48.     if (/\AQuery=\h+(\S+)/){
    
49.         compare ($ID, $rha, splice (@aData)) if (@aData);
    
50.         exists ($rha->{$1}) ? do {($ID, $Flag, $Offset) = ($1, 1, -1)} : ($Flag = 0);
    
51.         next;
    
52.     }
    
53.     next if (!$Flag);
    
54.     if (/\A(Query|Sbjct)\h+(\d+)\h+(\H+)\h+(\d+)/){
    
55.         push (@{$aData[$1 eq "Query" ? ++$Offset : $Offset]}, $2, $3, $4);
    
56.     }
    
57. }
    
58. close ($fh);
    
59. compare ($ID, $rha, splice (@aData)) if ($Flag);
    

復(fù)制代碼

sunzhiguolu

最后再問你一個問題, 對于這種情況 如何處理: (假設(shè) A 中數(shù)值 78)
以下為對應(yīng)的 B 文件的 Query, Sbjct 行:
Query  59   FSGDMLPD-GINRRWLTPAB---LRQPVVCLNRSGNMVGQSVLPMAG-LSGKKKATKNSLF  116
              G       IN R  T A S++ +P+          G+++    G    KK+  KNSL
Sbjct  61   APGWWDKPPLINARVETAATSRMFKPLW-------QHGRAICFADGWFEWKKEGDKNSLI  113

Query  59   FSGDMLPDGINRRWLTPAB-LRQPVVCLNRSGNMVGQSVLPMAG-LSGKKKATKNSLF  116
              G       IN R  T A S++ +P+          G+++    G    KK+  KNSL
Sbjct  61   APGWWDKPPLINARVETAATSRMFKPLW-------QHGRAICFADGWFEWKKEGDKNSLI  113

Query  59   FSGDMLPD-GINRRWLTPABT-LRQPVVCLNRSGNMVGQSVLPMAG-LSGKKKATKNSLF  116
              G       IN R  T A S++ +P+          G+++    G    KK+  KNSL
Sbjct  61   APGWWDKPPLINARVETAATSRMFKPLW-------QHGRAICFADGWFEWKKEGDKNSLI  113

此時, 對于 Query, Sbjct 字符應(yīng)該落在哪里? (回帖時請使用上面這個示例進(jìn)行說明, 這樣我容易理解一點) 只是驗證下我對于你先前說的那樣內(nèi)容是否已經(jīng)理解, 代碼邏輯是否存在紕漏.

little_joe

Query  59   FSGDMLPD-GINRRWLTPAB---LRQPVVCLNRSGNMVGQSVLPMAG-LSGKKKATKNSLF  116
              G       IN R  T A S++ +P+          G+++    G    KK+  KNSL
Sbjct  61   APGWWDKPPLINARVETAATSRMFKPLW-------QHGRAICFADGWFEWKKEGDKNSLI  113

Query  59   FSGDMLPDGINRRWLTPAB-LRQPVVCLNRSGNMVGQSVLPMAG-LSGKKKATKNSLF  116
              G       IN R  T A S++ +P+          G+++    G    KK+  KNSL
Sbjct  61   APGWWDKPPLINARVETAATSRMFKPLW-------QHGRAICFADGWFEWKKEGDKNSLI  113

Query  59   FSGDMLPD-GINRRWLTPABT-LRQPVVCLNRSGNMVGQSVLPMAG-LSGKKKATKNSLF  116
              G       IN R  T A S++ +P+          G+++    G    KK+  KNSL
Sbjct  61   APGWWDKPPLINARVETAATSRMFKPLW-------QHGRAICFADGWFEWKKEGDKNSLI  113
如果文件A數(shù)值為78則對應(yīng)的Query行和Sbjct行應(yīng)該是紅色的字母，您的想法是正確的，謝謝您的熱情幫助及指教，謝謝您！回復(fù) 44# sunzhiguolu


   

little_joe

stop_pipei_hb-1.word (1.32 MB, 下載次數(shù): 1)

2016-06-21 09:51 上傳

點擊文件名下載附件

麻煩還需要請教您一個問題，這個文件作為文件A跑不出結(jié)果是因為重復(fù)項太多嗎？回復(fù) 43# sunzhiguolu


   

251744647

頂貼，理解能力弱

little_joe

謝謝關(guān)注！回復(fù) 47# 251744647


   

sunzhiguolu

回復(fù) 46# little_joe
再用 43 樓的代碼試下,