’求助！��！求助！��！文件匹配輸出特定的內(nèi)容‘

little_joe

文件A:
WP_000636925.1-1
        62
        63
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WP_000567766.1-1
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        79
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        80
        80
WP_000636925.1-1
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WP_001341795.1-1
        24
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        24
        24
文件B:
BLASTP 2.2.29+


Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.
Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J.
Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of
protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.


Reference for composition-based statistics: Alejandro A. Schaffer,
L. Aravind, Thomas L. Madden, Sergei Shavirin, John L. Spouge, Yuri
I. Wolf, Eugene V. Koonin, and Stephen F. Altschul (2001),
"Improving the accuracy of PSI-BLAST protein database searches with

Query= WP_001386572.1-1

Length=21


***** No hits found *****



Lambda      K        H        a         alpha
   0.314    0.134    0.424    0.792     4.96

Gapped
Lambda      K        H        a         alpha    sigma
   0.267   0.0410    0.140     1.90     42.6     43.6

Effective search space used: 1206911076


Query= WP_000636925.1-1

Length=105
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

lcl|CU928161.2_prot_CAR03545.1_2173  [gene=ECS88_2260] [protein=c...    104   2e-29


>lcl|CU928161.2_prot_CAR03545.1_2173 [gene=ECS88_2260] [protein=conserved hypothetical protein] [protein_id=CAR03545.1]
[location=2240570..2240740]
Length=56

Score =   104 bits (260),  Expect = 2e-29, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 49/56 (88%), Positives = 52/56 (93%), Gaps = 0/56 (0%)

Query  8   LLFTIMRSLYLKIRFPSDLRSINALNYLQVPSIDWSDSGYVQHFINVIEKMLTRKK  63
           +LFTIMRSLYLK RFPSDL+SINALNYLQVPSIDWSDSGY+QHFINVIEKM T  K
Sbjct  1   MLFTIMRSLYLKSRFPSDLKSINALNYLQVPSIDWSDSGYIQHFINVIEKMPTTNK  56



Lambda      K        H        a         alpha
   0.325    0.135    0.407    0.792     4.96

Gapped
Lambda      K        H        a         alpha    sigma
   0.267   0.0410    0.140     1.90     42.6     43.6

Effective search space used: 1406358592
Query= WP_000636925.1-1

Length=105
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

lcl|CU928161.2_prot_CAR03545.1_2173  [gene=ECS88_2260] [protein=c...    104   2e-29


>lcl|CU928161.2_prot_CAR03545.1_2173 [gene=ECS88_2260] [protein=conserved hypothetical protein] [protein_id=CAR03545.1]
[location=2240570..2240740]
Length=56

Score =   104 bits (260),  Expect = 2e-29, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 49/56 (88%), Positives = 52/56 (93%), Gaps = 0/56 (0%)

Query  8   LLFTIMRSLYLKIRFPSDLRSINALNYLQVPSIDWSDSGYVQHFINVIEKMLTRKK  63
           +LFTIMRSLYLK RFPSDL+SINALNYLQVPSIDWSDSGY+QHFINVIEKM T  K
Sbjct  1   MLFTIMRSLYLKSRFPSDLKSINALNYLQVPSIDWSDSGYIQHFINVIEKMPTTNK  56



Lambda      K        H        a         alpha
   0.325    0.135    0.407    0.792     4.96

Gapped
Lambda      K        H        a         alpha    sigma
   0.267   0.0410    0.140     1.90     42.6     43.6

Effective search space used: 1406358592
通過文件A中的WP_000636925.1-1匹配到文件B：Query= WP_000636925.1-1
讀取文件A下面的數(shù)值，該數(shù)值將作為序號查找文件BQuery行即紅色行對應(yīng)的內(nèi)容
Query行剛開頭的8即為第一個字母L的序號，則62,63對應(yīng)Query行中的KK
輸出為Sbjct行即藍(lán)色行中Query找出的KK對應(yīng)的NK
并且分別計算輸出的NK的個數(shù)
例如：
N:2
K:2

sunzhiguolu

回復(fù) 1# little_joe
我有兩問題, 不太明白, 請解釋下:
1.> 這個問題感覺與文件 A 沒啥事, 請說明下必然聯(lián)系;
2.> 文件A與文件B匹配WP_000636925.1-1后讀取文件B下面的Query找到對應(yīng)的文件A數(shù)值62,63在文件B中的位置，即Query行并且以L為8向后讀取至紅色KK即對應(yīng)的62,63位并且輸出Sbjct下面對應(yīng)的藍(lán)色NK，并且分別計算找到的所有NK的個數(shù).

下面這個是 Query 行?
Query  8   LLFTIMRSLYLKIRFPSDLRSINALNYLQVPSIDWSDSGYVQHFINVIEKMLTRKK  63

文件A數(shù)值62,63在文件B中的位置
這里沒看懂, 請解釋下...

即Query行并且以L為8向后讀取至紅色KK即對應(yīng)的62,63位并且輸出Sbjct下面對應(yīng)的藍(lán)色NK，并且分別計算找到的所有NK的個數(shù)
由于前面文件 A 關(guān)于 62,63 那里沒弄懂, 到這里暈菜了...

哈哈, 我的問題比你還多...




   

sunzhiguolu

即Query行并且以L為8向后讀取至紅色KK即對應(yīng)的62,63位并且輸出Sbjct下面對應(yīng)的藍(lán)色NK
以L為8 是啥意思? 大家有看明白的, 能否給提個醒?

little_joe

不好意思，沒說明白，L的序號是8，62,63也是序號，Query后面的8就是第一個L的序號，后面的KK就是序號62,63對應(yīng)的內(nèi)容，

sunzhiguolu

不成, 我理解能力有點弱, 我還是給您頂貼吧...

little_joe

是的，文件A那個>號是沒有的，例子有些問題我在改改，列舉的Query行是對的，
就是說通過文件A的ID匹配到文件B中相應(yīng)的ID，用文件A中的序號找到Query行該序號相對應(yīng)的內(nèi)容，例子中是KK,
這時則輸出Subject行即下面有藍(lán)色NK的那行，
輸出內(nèi)容即KK對應(yīng)的NK，
并且輸出N:個數(shù)
K：個數(shù)
謝謝�。�！回復(fù) 2# sunzhiguolu


   

little_joe

謙虛，是我描述的原因，我在組織組織語言，謝謝回復(fù) 5# sunzhiguolu


   

sunzhiguolu

回復(fù) 1# little_joe
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WP_001341795.1-1
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        24

我還是沒弄明白, 比如找到文件 A 中 WP_000636925.1-1 下面的數(shù)值. 那么 62,63 與 文件 B WP_000636925.1-1 下面的 行的匹配依據(jù)是什么, 就是依靠文件 A WP_000636925.1-1 下面的 62,63 挨個與 對應(yīng) B 文件的
Query  8   LLFTIMRSLYLKIRFPSDLRSINALNYLQVPSIDWSDSGYVQHFINVIEKMLTRKK  63 進(jìn)行匹配, 找到的話就將
Query  8   LLFTIMRSLYLKIRFPSDLRSINALNYLQVPSIDWSDSGYVQHFINVIEKMLTRKK  63
Sbjct  1   MLFTIMRSLYLKSRFPSDLKSINALNYLQVPSIDWSDSGYIQHFINVIEKMPTTNK  56
上面這兩行的計數(shù)分別加1, 這樣? 我好像把字母 L 的事還是沒有能與匹配的事聯(lián)系到一起, 對于上述 A, B 文件的完整結(jié)果是啥, 弄出來瞧瞧 可能看的更直觀些, 不明白我再問...

little_joe

謝謝您的關(guān)注和指導(dǎo)，文件B其實是使用生物學(xué)軟件做得序列比對跑出來的文件，
圖中列出來的就是序列比對后匹配上的序列，Query是之前的查詢序列，Sbjct  是在數(shù)據(jù)庫中找到的相對應(yīng)的序列，序列中的每一個字母代表了一種氨基酸，文件A：62,63其實是序列Query行的序號，比如在事例中KK的序號即為62，63，現(xiàn)在需要統(tǒng)計Query行序號對應(yīng)的Sbjct行的氨基酸種類及其個數(shù)例如62，63（KK）對應(yīng)的就是Sbjct 行的NK,
匹配序號可以讀取Query，第一個數(shù)字8即為第一個氨基酸（圖中為L）的序號后面以此類推為9（L）、10(F)、11(T) 一直讀取至62（K）,63(K),此時輸出KK對應(yīng)的Sbjct行的NK并且進(jìn)行計數(shù)，具體的文件比較大，我可以截取部分給您看看，謝謝！ 回復(fù) 8# sunzhiguolu


   

little_joe

A.word (785 Bytes, 下載次數(shù): 8)

2016-06-17 10:15 上傳

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B.word (1.99 MB, 下載次數(shù): 6)

2016-06-17 10:12 上傳

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這是兩個文件A和B,是重新做的文件，比較小，應(yīng)該好找一些，您看看能不能夠幫助您理解，麻煩了回復(fù) 2# sunzhiguolu