將匹配字符串的特定區(qū)段序列變成小寫

freesiaSS

open(FILE1, "<Test.fasta") || die("Cannot open file Test.fasta");
open(FILE2, "<Repeat.gff") || die("Cannot open file Repeat.gff");
open(OUTFILE, ">Test3.txt") || die("Cannot create file Test3.txt");
my %hash;
while(<FILE1>) {
                chomp;
                if(/^>/){
                        $key=substr($_,1);     
                        }
                else {
                     $hash{$key}.=$_;
                     }
               }
               
while(<FILE2>){
              chomp;
              s/^\s+//g;
              my @temp=split(/\t|\;/,$_);
              my $ID=$temp[0];    # my $ID=substr($temp[0],0);      
              my $Start=$temp[3]-1;
              my $Len=($temp[4]-$temp[3]+1);

     while(my($key, $value)=each%hash){
                                if(exists $hash{$ID}) {
                                                                $hash{$ID} =~ s/^(.{$Start})(.{$Len})/$1.lc($2)/eg;                              
                                                                }
                                                            }
                      }

foreach my $k (keys %hash) {print OUTFILE "$k\t$hash{$k}";}
close FILE1;
close FILE2;
close OUTFILE;

這段腳本的執(zhí)行結(jié)果是：Quantifier in {,} bigger than 32766 in regex; marked by <-- HERE in m/^(.{ <-- HERE 32926})(.{195})/ at t41.pl line 27, <FILE2> line 60.
已知：GFF文件記錄的是每個(gè)ID不同區(qū)段的序列特征信息，每個(gè)ID縱列出現(xiàn)若干次； fasta文件記錄的是>ID\n 序列；
問題：首先讀取序列fasta文件，存入hash數(shù)列，key指定為：“>”后面的字符串，以便于對應(yīng)下面的GFF文件中的第一列$ID，便于在其中查找。$Start是要替換序列的起點(diǎn)，$Len是要替換序列從$Start開始的長度。$ID 是序列的ID, 對每一個(gè)ID，查找是否存在于fasta文件中，有對話，對其相應(yīng)的序列坐標(biāo)片段進(jìn)行小寫替換。然后輸出結(jié)果。

本人剛剛開始寫perl腳本，請問大神，我那里寫錯(cuò)了？？？？為什么運(yùn)行報(bào)錯(cuò)，說正則表達(dá)式匹配超出范圍，我查找了相應(yīng)到Line27的序列，確認(rèn)沒有錯(cuò)誤。SOS～～～～～

freesiaSS

請問是否可以不用遍歷 hash數(shù)列來實(shí)現(xiàn)指定區(qū)段序列打小寫替換的 操作？？

freesiaSS

已解決～～～～～