【求助】Perl按固定長(zhǎng)度分割文本

munaiyi1234

第一行獻(xiàn)給論壇里的大神！
第二行開始是正文···
我有一個(gè)out.txt的文檔，里面的內(nèi)容是這樣的：
CGAAGGGACTATATCTAGTCCCTTGGTGCAATTACGTAATCTCATTTATAATGATTGATATTATGAGAAAAATACATGAATTTTTCACTTGTAGTCGTGATTGGTGGATATTCAACAAGACTAATGTATGCAATTTGTTAATAAGCTTTTTTGGAAAACATCTGTGGTAGAAATAGGGCAAGCATGCTTGTGTACTTCCTTAATACGCTATATTCCATGTATCTGCTGGTAGAGTTAGTCCTCCGTAATATCTTCTTATTAGAGAAAATTCAGGATTTATATTCTGTGGTAACGCCATTAGAAGAAGTAATTTCCTGACTTAGATGATTCAGAGAGTATAAGTTCCATTGCTAGGATAGAGTAGATGTAGAGGTGAAAGTCCATGGCTTGATACCATTGATTTATTGTACAATTGTTCTTTAATTTTGGTGCACGACTAAGACCAAATTTTTACTCGTGATTTAATGTTAAGATGAAATTGTTACCTATTGTTTCTGTCCTTGGCTACCTATTCGGCGCTTCGTTTCAGAGCCTGCCAAGTTTCTCTCATAGCATTCTCTTTTCCTCCTTACGGGGTCCTTCATGCCTAAAGATGGAGAGCTAGAGCTGAAAAAACCGATCATTGCTATCCAACGTTACAATACATTCTTGACCCAAATGCAAGATAATATCAGATATGCGGGATATTTTAAAACTGCACATGGTAAAGGGTGTGCCTCTAGAGATACCCGTGATACGTCTTTGGAAAATTATATAGTCACACTGATGGATCAATGAAACTCGTTCCTGAAGATATAGGCAGATTTTAAGGAATGATTTTACCTTCGAAAATAATGGCTTAAAATTGGGTAGCTTTAGAATTTTGCTTATAGATAGAAAAGACGTATGTGCACATGTGATTTCGCAATTAACGGCATCATACGGAATTCGAAACTCCGCTATCTCATTGTTCATATACTTCAGCCAAGATTCTCGTGTTAAGACTTCCAATTTCTTCCAAGCGTTTTTCTTAGGGTTCAAAAGCATGGGTTAAAATGTGTTCATGAAAAGAGAAGTTAAGATCGAATTAGAAATTTTTGAATCTGGTCTTTTTTTGCTTTAAGTCGAAAAATTTAGTACCAGTGTTTTTGCCAGGATCAAAGAAGCTACAAATACCAACGTGATATTGGATCTGTAAAGTATCTACAAGAAATCTGTAGCTAAAAGAAAAATTCTTTTTATTTGATTCCGCTCGACTTTTCGATGGTGCATTGCCGTCTTTTCTCACAAGCATAAGGGCCCATTAGACCCTCGACCTGTTCGGACTCAATGGACCCTAGCGTCCTTGGGATGAGTACAAAACAGTGTCCTGCACTGGGGGACCCAGAGACTCGAGAACTCTGGCCTCTTGTGCTTCGATTATTAGCCGTTGGGCCATCGTATTGCCTTTTCCATAGTGAGAGCTTGCTGAGATTACCGTTCATACACGAATTCGAATCCCTCTTTTGCAAGAGCAAGGGCAGAGGGAGAAAAGAAAAGAGTTTTTCCACATATTTTCCCTCCTTTCCTTCCCATATGATGTTTGCAATATGAAAATATTAACTAAAGATTTATGAATTTGTACCAGTCAACTTGGACAGTGTAAGCCTATACTAAAGTCCAAGAAATTATTGGAAAGAAGTGAAAAACAAACTTTTGATGCATTATTTTGTGAGTTCTGGGTTATCATGGCATTGATGTTTAACGCTTCGGAGAGCTTCACCTGATGTGTTTCGGTGACGAGCTTAACGTTTTTAGCGATCTGTAGCGGCTTGATCATTGCGATTTTTTGATTTAACGTCAAAATTTGCCTAGAGAAACTTAACAAGTCTTCAATTATTGAAATCATTCAAATATATCAGGTAACAATTCAGGTCCATTAATGCATATTTCATTCATTTTAAACTTCATTTGAGGGCGGTTAGAAAAGAGACCCCTGGAAAAAGGACCATTCCCGCAGCAATTTAGGTGAAATTATTGATAACTTATACCCTAAATCTGCAAAGTTGCACCTCTTAAAATCATTTCGAAACTTTCGGGCCGAAAAGCGTGTCGTCCTCCCATTATATGTTTCTTCAACTTTGTTGTAAAGCCTTCGTGTA

想得到如下的效果：按照147個(gè)字母為一組分割這個(gè)文本。PS：實(shí)際的文本是現(xiàn)在這個(gè)好幾百倍長(zhǎng)，這只是其中一部分···
效果來了:
>char 1
CGAAGGGACTATATCTAGTCCCTTGGTGCAATTACGTAATCTCATTTATAATGATTGATATTATGAGAAAAATACATGAATT
>char 2
TTTCACTTGTAGTCGTGATTGGTGGATATTCAACAAGACTAATGTATGCAATTTGTTAATAAGCTTTTTTGGAAAACATCTG

大概是這樣的效果，樣本太大，可能所有字母數(shù)加在一起并不是147的整數(shù)，如果不是最后的一條也要截出來。

在下不才···本想用統(tǒng)計(jì)所有字母數(shù)再限制循環(huán)次數(shù)配合for循環(huán)了解的···結(jié)果弄巧成拙了···
有沒有大神可以幫我一下
順便告訴我如果數(shù)據(jù)太大perl可以一次全部把數(shù)據(jù)讀出來嗎···

jason680

substr EXPR,OFFSET,LENGTH

perldoc -f substr

munaiyi1234

這個(gè)用到了，但是現(xiàn)在文件讀不進(jìn)來，不知道是為什么

回復(fù) 2# jason680


   

MMMIX

最簡(jiǎn)單的辦法就是用 Bio::SeqIO  模塊，讓它幫你控制每行的長(zhǎng)度。

munaiyi1234

這個(gè)我不會(huì)了大神，包的部分沒學(xué)明白。。。

sunzhiguolu

回復(fù) 2# jason680
大神您好, 使用 substr 函數(shù)如何避免 offset 超出文本范圍. 代碼如下:

1. 
   
2. #!/usr/bin/perl
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. for (my ($sOffset, $sLength, $sCnt, $sStr, $sSection) = (0, 147, 1, <>); $sSection = substr ($sStr, $sOffset, $sLength); $sOffset += $sLength){
   
7.         printf "char %d>\n%s\n", $sCnt++, $sSection;
   
8. }
   

復(fù)制代碼

在輸出結(jié)果的時(shí)候, 提示如下錯(cuò)誤:

1. 
   
2. substr outside of string at ...
   

復(fù)制代碼

munaiyi1234

6樓大神你好�。⌒〉鸟R上去改程序�。�

回復(fù) 6# sunzhiguolu


   

MMMIX

munaiyi1234 發(fā)表于 2015-12-30 20:26
這個(gè)我不會(huì)了大神，包的部分沒學(xué)明白。。。

使用 Perl 不會(huì)用包那就是個(gè)悲��！

sunzhiguolu

回復(fù) 7# munaiyi1234
我不是什么大神!!! 另外, 代碼部分有問題!!!

   

sunzhiguolu

回復(fù) 7# munaiyi1234
稍微修改了下, 試下:

1. 
   
2. #!/usr/bin/perl
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. my $sStr = <>;
   
7. for (my ($sOffset, $sCnt, $sLength, $sStrLength, $sSection) = (0, 0, 147, length ($sStr)); $sStrLength >= $sOffset; $sOffset += $sLength){
   
8.         printf "char %d>\n%s\n", ++$sCnt, substr ($sStr, $sOffset, $sLength);
   
9. }
   

復(fù)制代碼

MMMIX 大神提供的解決方案非常棒, 可以學(xué)習(xí)下.