perl 引號(hào)

一串兒葡萄皮

我的文件fasta格式如下，有的ID都有一個(gè)雙引號(hào)，如下所示。而有的沒有，我想把雙引號(hào)去掉，

">AT3G56040.1|PACid:19662817"
MANPQASPILHHPQNHLSLFHFRTTTSPRSFSSLHFRKPLLFLSSSSSFSSKLQQSEQQCNNHQVRHVSTVPVEYSTPTPPESDDFLSEIDRLKSLLSKLDVSKDLRRKDAVIDADSRVRRFFSENRGGLSKVFGYLGLNSNEMFLVKCVIAAGQEHALCMNYEEAFGEEEEEYTVRSSVKNALYALVEMIERFDVNSSGYKGRREMGTVLDSEEIAHFRKFLTFLEEIEQFYDCIGGIIGYQVMVLELLHQSSKRRNTNRSQLVEESLGC

b114213903

一串兒葡萄皮這種不是標(biāo)準(zhǔn)的fasta格式文檔，BioPerl模塊不能正常識(shí)別。
建議直接用Perl腳本過濾數(shù)據(jù)，或者如果文件不大的話，就直接用NotePad++之類的文本編輯器直接正則替換就好了！

xiaoxingan99

use strict;
use warnings;
my $a='"fafdaf"';
$a=~s/\"//g;
print $a;
這樣不行么？還是我沒理解樓主的意思？

一串兒葡萄皮

我也是這么做的，可是有些地方會(huì)出現(xiàn)這種情況：>atcgutwurpwfaiwe
WWMNNMMJEFFYGGGSDFKNVJJNVSDFVNSDHFV"at9ouytrey|pcvyuqfqiufjqelityuio"MMNSHFBEYSBCSJHCNKADJNQACHKWJCNSJ
就是有的引號(hào)并沒有被去掉，而是帶引號(hào)的ID直接跟到上一個(gè)序列的后面去了。




回復(fù) 3# xiaoxingan99


   

MMMIX

回復(fù) 4# 一串兒葡萄皮


    有這種情況早干嗎不說? 這不是浪費(fèi)大家時(shí)間么

一串兒葡萄皮

我手動(dòng)替換后，報(bào)錯(cuò)說含有不匹配的>,是不是輸入的大于號(hào)跟原文件的大于號(hào)還有什么區(qū)別呢？

回復(fù) 2# b114213903


   

一串兒葡萄皮

我在替換之前沒有，只是用s/\"//g  替換后的結(jié)果會(huì)出現(xiàn)帶引號(hào)的ID會(huì)跟到上一個(gè)序列后面去。不好意思，沒說清楚。



回復(fù) 5# MMMIX


   

MMMIX

回復(fù) 7# 一串兒葡萄皮


    把能重現(xiàn)這個(gè)問題的輸入和你的(能直接執(zhí)行的)代碼都貼上來.

xiaoxingan99

還是把你的代碼發(fā)上來看看吧，如果就是直接替換的話，應(yīng)該沒啥大問題的。

一串兒葡萄皮

我的代碼
#!/usr/bin/perl    -w
use warnings;
use strict;
use Bio::SeqIO;

my $file=$ARGV[0];
open(W,"<$file")|| die $!;
while(<W>){
   chomp;
    my$i='"\w+"';
        $i=~s/\"//g;

}
    open(M,">$file.new2") || die $!;
    my$all=Bio::SeqIO->new(-file=>"$file",-format=>'fasta');
    while(my$seq=$all->next_seq){
        my$id=$seq->id;
        my$seq=$seq->seq;


            print M ">$id\n";
            print M "$seq\n";
        }


    close W;
    close M;