awk或perl怎么提取在某一動態(tài)范圍內(nèi)的文本信息？

xunong

如題，

假如文件A是這樣：                       文件B:
chr1   223     367                       chr1   234     257     aa
chr1   455     772                       chr1   450     458     bb
chr1   8889   10022                   chr2   12       23       cc
chr2   11       666                      chr3   2301   2323    dd
chr2   769     1231                     ............
chr3   1765   2319
..........

現(xiàn)在想將B文件中兩個數(shù)字的范圍都包含在A文件中的那行提取出來，并且第一列標識符要對應(yīng)，chr1在A文件里chr1的數(shù)字范圍內(nèi)找，chr2找chr2的，

上面舉例中只有chr1   234     257     aa  可以被提取出來
                    chr2   12       23      cc

跨越了范圍就不算，像B文件中第二行 450     458，就不算在A文件455     772的范圍內(nèi)

求大神支招！

liion631818

1.         awk 'NR==FNR{
   
2.                         arr1[$1]++;
   
3.                         arr2[$1","arr1[$1]",min"]=$2;
   
4.                         arr2[$1","arr1[$1]",max"]=$3;
   
5.                         next;
   
6.         }
   
7.         ($1 in arr1){
   
8. 
   
9.                 for(i=1; i<=arr1[$1]; i++) {
   
10.                         if(($2 >= arr2[$1","i",min"] && $2 <= arr2[$1","i",max"]) && \
    
11.                                         ($3 >= arr2[$1","i",min"] && $3 <= arr2[$1","i",max"]) \
    
12.                                 )
    
13.                                 print;
    
14.                 }
    
15.         }
    
16.         END{
    
17.                        
    
18.         }' A.txt B.txt

復(fù)制代碼

xunong

謝謝！！回復(fù) 2# liion631818


   

reb00t

1. py練習(xí)
   
2. 
   
3. #!/usr/bin/env  python
   
4. 
   
5. 
   
6. d1={}
   
7. with open('11') as f:
   
8.         for lines in f:
   
9.                 l=lines.strip().split()
   
10.                 d1.setdefault(l[0],[]).append(l[1:])
    
11. 
    
12. 
    
13. with open('12') as f:
    
14.         for lines in f:
    
15.                 l=lines.strip().split()
    
16.                 for k,v in d1.items():
    
17.                         for n in v:
    
18.                                 if (k==l[0]) and (l[1]>n[0]) and (l[2]<n[1]):
    
19.                                         print lines,
    
20. 
    
21. 結(jié)果：
    
22. chr1 234 257 aa
    
23. chr2 12 23 cc

復(fù)制代碼

zxy877298415

1. awk 'FNR==NR{a[$1]=a[$1]?a[$1]"#"$0:$0;b[$1]++;next}{split(a[$1],c,"#");for(i=1;i<=b[$1];i++){split(c[i],d," ");
   
2. > if(($1==d[1])&&($2<d[2])&&($3>d[3])) {print d[1]"\t"d[2]"\t"d[3]"\t"d[4]}}}' file2 file1
   
3. chr1    234     257     aa
   
4. chr2    12      23      cc

復(fù)制代碼

回復(fù) 1# xunong


   

Buring__

回復(fù) 1# xunong

1. awk 'NR==FNR{a[NR]=$1;b[NR]=$2;c[NR]=$0;d[NR]=$3;next}{for(i in a)if(a[i]==$1&&b[i]>$2&&d[i]<$3) print c[i]}' file2 file1

復(fù)制代碼

Buring__

哈哈哈哈哈， 我寫的好蠢

songyc_2015

1. awk 'FNR==NR{a[$0]=$0}FNR!=NR{for(s in a){split(s,b," ");if($1==b[1]&&$2>=b[2]&&$3<=b[3]){print;next}}}' A B

復(fù)制代碼