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[文本處理] 模式匹配的問(wèn)題求教 [復(fù)制鏈接]

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1 [收藏(0)] [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 14:11 |只看該作者 |倒序?yàn)g覽
本帖最后由 cxrfly 于 2014-08-03 14:34 編輯

我有一個(gè)字符串匹配的問(wèn)題,求各位指點(diǎn)下。
1、字符段,假設(shè)為$protein
jgi|Physo3|554134|estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226
MPHPRFPKIEIQELRDDFIRFELSETDASVANAIRRVMISEVPTLAIDLVSIEINTSVMTDEFLAHRLGM
IPLNFDGGLENFRQRFVYSADCDCDENCPNCSVEFSLDVTADNGVLSVTSEALKSSDPYIRPVNFSSEEE
LNNTQDSGVIIAKLGPGQRLRLSAIAKLGIGKEHAKWSPVAVATYMYDPIITLNQAVLSTYTPEQKAELY
KSCPTEVYETDENYEQVRCCAWKVDFILEEAD*

2、利用$ID=~/(.*\n)/獲取了第一行jgi|Physo3|554134|estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226,即$ID=jgi|Physo3|554134|estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226,F(xiàn)在想利用$protein=~s/$ID//,卻發(fā)現(xiàn)僅有jgi被去掉,打印顯示$protein=|Physo3|554134|estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226MPHPRFPKIEIQELRDDFIRFELSETDASVANAIRRVMISEVPTLAIDLVSIEINTSVMTDEFLAHRLGMIPLNFDGGLENFRQRFVYSADCDCDENCPNCSVEFSLDVTADNGVLSVTSEALKSSDPYIRPVNFSSEEELNNTQDSGVIIAKLGPGQRLRLSAIAKLGIGKEHAKWSPVAVATYMYDPIITLNQAVLSTYTPEQKAELYKSCPTEVYETDENYEQVRCCAWKVDFILEEAD*

請(qǐng)問(wèn),這個(gè)模式匹配$protein=~s/$ID//問(wèn)題在哪里?本意是去掉第一行的ID的,留下蛋白序列的,百思不得其解阿。
小白問(wèn)題,請(qǐng)多指點(diǎn)!謝謝拉

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2 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 14:43 |只看該作者
求幫忙阿,是不是管道符號(hào)的問(wèn)題?但是第一次匹配就沒(méi)有問(wèn)題阿,想不通

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天蝎座
日期:2013-12-10 19:37:11酉雞
日期:2014-08-04 20:05:38雙魚(yú)座
日期:2014-08-09 21:53:54
3 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 15:15 |只看該作者
回復(fù) 1# cxrfly


    這個(gè)是perl的語(yǔ)法嗎? 我不太熟啊,如果是perl的話,可以發(fā)到perl版去問(wèn)一下。


    我僅從正則表達(dá)式的角度來(lái)說(shuō)一下,你既然使$ID的值成為了
jgi|Physo3|554134|estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226
那么在執(zhí)行:
  1. $protein=~s/$ID//
復(fù)制代碼
時(shí),實(shí)際執(zhí)行的是:
  1. $protein=~s/jgi|Physo3|554134|estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226//
復(fù)制代碼
而正則表達(dá)式中的"|"大約相當(dāng)于“或”,所以該正則表達(dá)式的意思是:
jgi或者Physo3或者554134或者estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226替換為空。而且你沒(méi)有加任何的標(biāo)志位,所以僅替換第一個(gè)成功匹配的字符串,也就得到了你的結(jié)果。
(如果你加上s標(biāo)志位的話,你會(huì)發(fā)現(xiàn)這幾項(xiàng)應(yīng)該都被刪掉了 第一行留下來(lái)的應(yīng)該是多個(gè)"|")

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射手座
日期:2014-10-10 15:59:4715-16賽季CBA聯(lián)賽之上海
日期:2016-03-03 10:27:14
4 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 15:21 |只看該作者
回復(fù) 1# cxrfly


    try:
  s/\Q$ID\E//
  

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射手座
日期:2014-10-10 15:59:4715-16賽季CBA聯(lián)賽之上海
日期:2016-03-03 10:27:14
5 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 15:22 |只看該作者
另外,如果想把protein id那行刪除
$protein =~ s/^[^\n]+\n//'

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天蝎座
日期:2013-12-10 19:37:11酉雞
日期:2014-08-04 20:05:38雙魚(yú)座
日期:2014-08-09 21:53:54
6 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 15:24 |只看該作者
回復(fù) 4# yinyuemi


    這個(gè)是perl的語(yǔ)法嗎?\Q和\E分別是啥意思?

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7 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 15:45 |只看該作者
回復(fù) 5# yinyuemi


    您說(shuō)的這2個(gè)模式都可以。確實(shí)是我在|管道符號(hào)上犯錯(cuò)了。謝謝

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8 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 15:47 |只看該作者
回復(fù) 3# 歐陽(yáng)西風(fēng)


    謝謝,確實(shí)我對(duì)|了解太少了,這個(gè)地方是您說(shuō)的這樣,是“或”替換的結(jié)果。

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射手座
日期:2014-10-10 15:59:4715-16賽季CBA聯(lián)賽之上海
日期:2016-03-03 10:27:14
9 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 16:03 |只看該作者
回復(fù) 6# 歐陽(yáng)西風(fēng)


    嗯,perl 的正則語(yǔ)法,具體你查下perldoc re吧

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10 [報(bào)告]
發(fā)表于 2014-08-03 16:04 |只看該作者
類似$ID1=jgi|Physo3|554134|estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226,
$ID2=jgi|Physo3|554134|estExt_Genewise1Plus.C_1_t70226這樣的字符串如何進(jìn)行匹配 阿?好像用$ID1=~/$ID2/或者 $ID1==$ID2都不行阿?求指點(diǎn)
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