求一個overlap的perl程序

tanger_009

向大俠求助

我有一組數(shù)據(jù)：
chr1        1        7       
chr1        2        8       
chr1        60        66
chr1        76        82
chr2        1        7       
chr2        4        10
chr2        5        11
chr2        6        12
chr2        9        15

第一列表示不同的染色體，第二列表示起始坐標，第三列表示終止坐標。
第一行（chr1        1        7）和第二行（chr1        2        8）存在坐標交叉，即2在1-7之間。
現(xiàn)在就想找到那些存在坐標交叉的信息，并取出坐標的最小值和最大值。
對于不存在交叉的行，直接print就好。

測試數(shù)據(jù)的結(jié)果應(yīng)該為:
chr1  1  8
chr1  60  66
chr1  76  82
chr2  1  15

yestreenstars

1. my ( $name, $min, $max );
   
2. sub print { print "$name $min $max$/" }
   
3. while (<DATA>) {
   
4.         /(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)/;
   
5.         if ( $name ) {
   
6.                 if ( $name eq $1 ) {
   
7.                         if ( $2 >= $min && $2 <= $max ) {
   
8.                                 $max = $3 if $3 > $max;
   
9.                                 next;
   
10.                         } else {
    
11.                                 &print;
    
12.                         }
    
13.                 } else {
    
14.                         &print;
    
15.                 }
    
16.         }
    
17.         ( $name, $min, $max ) = ( $1, $2, $3 );
    
18. }
    
19. &print;

復(fù)制代碼

jason680

回復(fù) 1# tanger_009

$ perl overlay.pl
chr1        1        8
chr1        60        66
chr1        76        82
chr2        1        15

$ cat overlay.pl

use strict;
use warnings;

sub Output{ print join("\t",@_), "\n"}
sub min{ return $_[0] < $_[1] ? $_[0]: $_[1] }
sub max{return $_[0] > $_[1] ? $_[0]: $_[1] }

my @aLast;
while(<DATA>){
  chomp;
  my @aData = split;
  if(@aLast == 0 ){
    @aLast = @aData;
    next;
  }
  if($aLast[0] ne $aData[0]){
    Output(@aLast);
    @aLast = @aData;
    next;
  }
  if($aLast[2] < $aData[1]){
    Output(@aLast);
    @aLast = @aData;
    next;
  }
  $aLast[1] = min($aLast[1], $aData[1]);
  $aLast[2] = max($aLast[2], $aData[2]);
}
Output(@aLast);

__DATA__
chr1        1        7      
chr1        2        8      
chr1        60        66
chr1        76        82
chr2        1        7      
chr2        4        10
chr2        5        11
chr2        6        12
chr2        9        15

   

tanger_009

謝謝兩位大仙。兩位的都是對的啊~

pitonas

if 第二列是升序: 小 -> 大 排列

1. #!/usr/bin/perl
   
2. my @tmp = split /\s+/, <DATA>;
   
3. 
   
4. while (<DATA>) {
   
5.     my ( $k, $r1, $r2 ) = split;
   
6. 
   
7.     if ( $k ne $tmp[0] or $r1 > $tmp[2] ) {
   
8.         print join( "\t", @tmp ), "\n";
   
9.         @tmp = ( $k, $r1, $r2 );
   
10.     }
    
11.     elsif ( $r2 > $tmp[2] ) {
    
12.         $tmp[2] = $r2;
    
13.     }
    
14. }
    
15. print join( "\t", @tmp ), "\n";
    
16. 
    
17. __DATA__
    
18. chr1        1        7      
    
19. chr1        2        8      
    
20. chr1        60        66
    
21. chr1        76        82
    
22. chr2        1        7      
    
23. chr2        4        10
    
24. chr2        5        11
    
25. chr2        6        12
    
26. chr2        9        15
    

復(fù)制代碼