請(qǐng)問awk如何在不含有@的行指定位置加上chr

chenjiali1

文本如下：
@SQ     SN:chr15        LN:102531392
15        LN:102531392
15        LN:102531392
@SQ     SN:chr12        LN:133851895
@SQ     SN:chr13        LN:115169878

我想輸出這樣的結(jié)果
@SQ     SN:chr15        LN:102531392
chr15        LN:102531392
chr15        LN:102531392
@SQ     SN:chr12        LN:133851895
@SQ     SN:chr13        LN:115169878

即含有@或者其它指定的特殊字符，如&，%等的行直接輸出，不含有的在行首加上chr，請(qǐng)問awk和sed分別如何實(shí)現(xiàn)，謝謝大家！
另外，如果想在不含有@字符的第二列前加入chr，請(qǐng)問如何實(shí)現(xiàn)。
@SQ     SN:chr15        LN:102531392
15        chrLN:102531392
15        chrLN:102531392
@SQ     SN:chr12        LN:133851895
@SQ     SN:chr13        LN:115169878
這里我只截取了少數(shù)行，唯一分隔的標(biāo)準(zhǔn)就是含不含@，而且@也不一定在行首。要加chr的列如上所述不一定是第一列即行首。

yestreenstars

第一個(gè)需求：

1. [root@localhost ~]# sed '/[@&%]/b;s/^/chr/' i
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. chr15        LN:102531392
   
4. chr15        LN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@localhost ~]#

復(fù)制代碼

1. [root@localhost ~]# awk '!/[@&%]/{$0="chr"$0}1' i
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. chr15        LN:102531392
   
4. chr15        LN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@localhost ~]#

復(fù)制代碼

第二個(gè)需求：

1. [root@localhost ~]# awk -vOFS='\t' '!/[@&%]/{$2="chr"$2}1' i
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. 15      chrLN:102531392
   
4. 15      chrLN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@localhost ~]#

復(fù)制代碼

如果想實(shí)現(xiàn)指定任意列插入chr，可以用變量控制：

1. [root@localhost ~]# awk -vt=1 -vOFS='\t' '!/[@&%]/{$t="chr"$t}1' i
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. chr15   LN:102531392
   
4. chr15   LN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@localhost ~]# awk -vt=2 -vOFS='\t' '!/[@&%]/{$t="chr"$t}1' i
   
8. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
9. 15      chrLN:102531392
   
10. 15      chrLN:102531392
    
11. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
    
12. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
    
13. [root@localhost ~]#

復(fù)制代碼

chenjiali1

回復(fù) 2# yestreenstars


    awk的看懂了，sed的能解釋下嗎？謝謝啦。對(duì)sed非常不熟。

yestreenstars

回復(fù) 3# chenjiali1

1. sed '
   
2. /[@&%]/b; #匹配到@、&或%就跳轉(zhuǎn)到腳本的尾部
   
3. s/^/chr/ #將行首替換為chr
   
4. '

復(fù)制代碼

       b label
              Branch to label; if label is omitted, branch to end of script.

整個(gè)腳本的意思就是當(dāng)匹配到@、&或%時(shí)就不執(zhí)行任何操作，直接打印，否則就替換行首為chr，然后打印。

   

chenjiali1

明白了，剛查了下資料，感覺sed比awk難懂多了，這種判斷語(yǔ)句連個(gè)if都沒有

這個(gè)冬天不冷

回復(fù) 5# chenjiali1


星辰大大 用的就是if語(yǔ)句，sed 里面的 b函數(shù)和 t函數(shù)就是  if語(yǔ)句，需要好好理解

針對(duì)第一種需求 還可以這樣

1. [root@everIover ~]# sed '/^[^@]/s/^/chr/' ii
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. chr15        LN:102531392
   
4. chr15        LN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@everIover ~]# cat ii
   
8. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
9. 15        LN:102531392
   
10. 15        LN:102531392
    
11. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
    
12. @SQ     SN:chr13        LN:115169878

復(fù)制代碼

dn833

1. awk -F @ '(NF>1)?a=$0:a="chr"$0{print a}'
   
2. 
   
3. awk -F @ '(NF>1)?a=$0:a=gensub(/([^ ]+)$/,"chr&",$0){print a}'

復(fù)制代碼

1. sed '/@/!s/^/chr/'
   
2. 
   
3. sed '/@/!s/\([^ ]\+\)$/chr\1/'

復(fù)制代碼