此種情況如何改進(jìn)能夠防止C程序內(nèi)存溢出？

xlwang_0903

    輸入數(shù)據(jù)為N個(gè)塊（segment），每個(gè)塊為一個(gè)長(zhǎng)字符串�，F(xiàn)在要做的是遍歷每個(gè)塊，保存所有長(zhǎng)度為k的子串（kmer）在塊中的位置（pos），每個(gè)不同的kmer我將其轉(zhuǎn)換一個(gè)唯一數(shù)字（id）。我用指針數(shù)組為每個(gè)id保存pos，例如 int *plustable[id]，遍歷每個(gè)segment時(shí)，每遇到一個(gè)kmer，就將其pos加入到對(duì)應(yīng)的*plustable[id]中。
    現(xiàn)在的問(wèn)題就是隨著遍歷的深入，保存在內(nèi)存中的*plustable[id]會(huì)越來(lái)越多，數(shù)據(jù)量也會(huì)越來(lái)越大。我曾經(jīng)考慮過(guò)當(dāng)內(nèi)存不夠時(shí)，將*plustable[id]寫(xiě)入文件，可是這樣的話，到最后寫(xiě)入數(shù)據(jù)庫(kù)的時(shí)候，需要更新文件若干次，效率降低了，處理起來(lái)也比較復(fù)雜。
    請(qǐng)問(wèn)大家有沒(méi)有比較好的解決辦法，讓此程序能夠控制內(nèi)存的使用，防止內(nèi)存溢出。

一劍封塵

防止內(nèi)存溢出

xlwang_0903

額。。。是我的問(wèn)題沒(méi)表述清楚還是別的什么？咋沒(méi)人捏？

BigGame_2008

可以使用鏈表方式存！回復(fù) 1# xlwang_0903


   

cobras

可以使用數(shù)組+鏈表來(lái)存儲(chǔ)。

folklore

int main(){
   printf("請(qǐng)將內(nèi)存增加到1000G以上， 否則所在大樓即該起爆， 現(xiàn)在開(kāi)始倒計(jì)時(shí)： 5 ... 4 ... 3 ...");
}

lwhjava

BTree