怎樣去掉不滿足條件的塊

小豬Gina

正常的fq文件有四行：

1.以@開頭；
2.堿基ATCG（隨意排列）序列；
3.+號
4.質(zhì)量值，要求長度與第2行相等，由字母，括號，下劃線等組成。


現(xiàn)在有n多行，發(fā)現(xiàn)行數(shù)不是4的倍數(shù)。
也就是說可能有某些行漏掉了。

怎樣將這些缺失行的塊從這個文件中刪掉？

比如：
@A
ATCG
+
aaaa
@B
ATCG
+
aaaa
ATCG
+
aaaa
@c
ATCG
+
aaaa
輸出：
@A
ATCG
+
aaaa
@B
ATCG
+
aaaa
@c
ATCG
+
aaaa
求幫助~
謝謝~

小豬Gina

已解決，明天上班把程序貼出來

Perlvim

想學(xué)點(diǎn)生物學(xué)方面DNA數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)方面的東西，不知道該看什么資料

小豬Gina

回復(fù) 3# Perlvim


    我是學(xué)統(tǒng)計的。。。生物方面不是特別懂。我只是用程序處理一些文件。真是很抱歉，幫不到你。

小豬Gina

貼出程序：
$/="\@";
while (<IN>) {
        chomp;
        if (/(HWUSI.*\n)([ATCG]+\n)(\+\n)(.*\n)/) {
                if (length($2)==length($4)) {
                print "\@$1$2$3$4";
                }
        }
}
$/="\n";

rubyish

keyima?

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use 5.016;
   
3. my $data = do { local $/; <DATA>} ;
   
4. say map /^@.*?^[ATGC].*?\+\n.*?\n/msg, $data;
   
5. __DATA__
   
6. @A
   
7. ATCG
   
8. +
   
9. aaaa
   
10. @B
    
11. ATCG
    
12. +
    
13. aaaa
    
14. ATCG
    
15. +
    
16. aaaa
    
17. @c
    
18. ATCG
    
19. +
    
20. aaaa

復(fù)制代碼

小豬Gina

回復(fù) 6# rubyish


    運(yùn)行了一下，沒有達(dá)到要求，您的程序打印出了
@A
ATCG
+
aaaa
@B
ATCG
+
aaaa
而去掉的那個塊之后的
@c
ATCG
+
aaaa
沒有print出來。謝謝~

rubyish

我總出現(xiàn)稀奇古怪的問題，郁悶。。。
沒有print出來。謝謝~

小豬Gina

回復(fù) 8# rubyish


     呵呵，大家互相學(xué)習(xí)，不斷進(jìn)步~會越來越好的~

rubyish

小豬Gina 發(fā)表于 2013-02-21 05:50
回復(fù) 8# rubyish

謝謝~3Q~~{:3_188:}