perl中調(diào)用R語言

hu145165

以下是從網(wǎng)上收集的從perl中調(diào)用R的方法：

1 直接用system（）命令
比如有個test.R程序，可以通過下面的方式調(diào)用：
system("R <test.R --vanilla")

2 安裝模塊RSperl
該模塊的具體介紹http://www.omegahat.org/RSPerl/
安裝過程如下：
tar zxf RSPerl_0.9-0.tar.gz
R CMD INSTALL --configure-args='--with-in-perl' RSPerl
cd RSPerl/src
make -f Makefile.perl install

設(shè)置環(huán)境變量：
$R_LIBS：設(shè)置需要的R的包的位置，默認(rèn)是$R_HOME/library/。
$PERL5LIB：設(shè)置需要的perl包（R.pm，RReferences.pm，R.so）的位置。
RSPerl/scripts /目錄里提供了兩個設(shè)置環(huán)境變量的shell命令文件，可以直接使用：source RSPerl/scripts/RSPerl.csh

3 使用perl中的module Statistics::R
(轉(zhuǎn)自http://cos.name/bbs/simple/index.php?t16122.html)

用Statistics::R ，既可適用于Win32平臺，也可在Linux 中使用。
不過Win32平臺安裝模塊要在cmd命令行中使用cpan進(jìn)行安裝，而ActivePerl的PPM找不到安裝模塊。
模塊有一共有四個：Statistics::R  
                                   Statistics::R::Bridge
                                   Statistics::R::Bridge::Win32
                                   Statistics::R::Bridge::pipe  
不過好像先安裝第二個，再安裝第一個，后邊2個好像會自動安裝（我裝的時候沒注意，反正用cpan再裝多一次也無防）

以下是一個在Win32平臺的示例：輸出一個矩陣及打印輸出矩陣的行例數(shù)：
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#!usr/bin/perl-w
use Statistics::R;  
  my $R = Statistics::R->new() ;
$R->startR ;  
$R->send(qq`A=rbind(c(76.0, 91.5, 85.5, 82.5, 79.0, 80.5, 74.5,79.0, 85.0, 76.5, 82.0, 95.0, 92.5), \n
            c(50, 20, 20, 30, 30, 50, 60, 50, 40, 55,40, 40, 20), \n
           c(120, 141, 124, 126, 117, 125, 123, 125,132, 123, 132, 155, 147)) \n`) ;
  $R->send(qq`ncol=ncol(A);
nrow=nrow(A) \n print(paste("矩陣A是",nrow,"行",ncol,"例矩陣",sep="")) `);  
my $ret = $R->read;  print $ret,"\n";  
$R->send(qq`print(A)`);  
my $ret = $R->read;  
print $ret;  $R->stopR();

#注：$R->read只能讀取到R最后一次的輸出信息，所以R每輸出一次信息就需調(diào)用一次$R->read，然后將其結(jié)果用print在perl中打印輸出
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
輸出結(jié)果為：
[1] "矩陣A是3行13例矩陣"
     [,1]  [,2]  [,3]  [,4] [,5]  [,6]  [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,]   76  91.5  85.5  82.5   79  80.5  74.5   79   85  76.5    82    95  92.5
[2,]   50  20.0  20.0  30.0   30  50.0  60.0   50   40  55.0    40    40  20.0
[3,]  120 141.0 124.0 126.0  117 125.0 123.0  125  132 123.0   132   155 147.0

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一般人希望用perl調(diào)用R的目的 應(yīng)該不只是希望得到R的處理結(jié)果，而是希望perl能利用R內(nèi)部的大量科學(xué)計算函數(shù)：
假如要將變量從perl傳入R中進(jìn)行計算（如將$a＝1傳進(jìn)R），或要將調(diào)用R函數(shù)計算出的唯一結(jié)果值傳入perl再進(jìn)行后續(xù)處理（如
將向量c(1,2,3,4,6)的均值加上$a的結(jié)果傳入perl后利用perl再進(jìn)行加2處理），可以如下寫腳本：

#!usr/bin/perl-w
use Statistics::R;   
my $a=1;  
my $R = Statistics::R->new();
   $R->startR;  $R->send(qq`x=c(1,2,3,4,6) \n y=mean(x) \n z=$a+y \n print(z)`) ;   
my $ret = $R->read;  
print $ret,"\n";  
#輸出R的處理結(jié)果  
$R->stopR();  $ret=~s/\[\d\]\s+(\d+)/$1/g;
my $b=$ret+2;
print $b;
#輸出最終結(jié)果個人感覺還是用system（）函數(shù)比較方便，其他兩種都有點麻煩。

[ 本帖最后由 hu145165 于 2009-12-21 14:59 編輯 ]

royalzhang

用過1，一個R程序，計算幾百萬套參數(shù)，中間經(jīng)常退出來，很郁悶，只好手動繼續(xù)。