如何合并文件中的行

lry198008

例如：
Conting1
ACGTAGTCAGTACGATGC
AGTCGAGTGACGTGAGCG
ACGTACTAGCTAGCTATC
Contig2
ATGCTAGCTAGCTAGCTT
TTCGATCGTAGCTAGCGT
CTAGCTAGCTAGCTATCG
用什么命令將序列合并成一行，不要空格：
Conting1
ACGTAGTCAGTACGATGCAGTCGAGTGACGTGAGCGACGTACTAGCTAGCTATC
Contig2
ATGCTAGCTAGCTAGCTTTTCGATCGTAGCTAGCGTCTAGCTAGCTAGCTATCG

walkerxk

cat Conting1|tr -d '\n' >Conting11
cat Contig2|tr -d '\n' >Contig21
linux板塊回復(fù)你了，不過那邊你沒說清楚。

david993

不知道直接把\n替換掉，行不行。

walkerxk

對了，如果是windows下的文本的話，還要一步：
cat Conting1|tr -d '\n'|tr -d '\r' >Conting11

walkerxk

如果要保留最后一個換行：sed -i ':a;N;s,\n,,;ba' Conting1而且這個是直接修改。
同樣，windows的話要加一條sed -i 's,\r,,;:a;N;s,\n,,;ba' Conting1

zhangshebao

四行變二行，第1行復(fù)制，后3行合并？
awk 'NR%4<=1{printf("%s\n", $0)}
NR%4>=2{printf("%s", $0)}
'

walkerxk

原來理解錯誤，呵呵，sed '2{N;s,\n,,;N;s,\n,,};6{N;s,\n,,;N;s,\n,,};'
好像麻煩了點，而且多行的話有點麻煩。
改進(jìn)版本：sed '2~4{N;s,\n,,;N;s,\n,,}'
繼續(xù)改進(jìn)中。

[ 本帖最后由 walkerxk 于 2008-11-29 17:51 編輯 ]

xwmhmily

原帖由 walkerxk 于 2008-11-29 16:57 發(fā)表
cat Conting1|tr -d '\n' >Conting11
cat Contig2|tr -d '\n' >Contig21
linux板塊回復(fù)你了，不過那邊你沒說清楚。

這樣最簡單明了

ukyo502

cat Conting1|sed -e ':a;1!N;s/\n//;t a'

blackold

Conting1也是文件的內(nèi)容吧，如果行數(shù)固定用paste；否則用awk, sed.