關(guān)于hash的問題求助

niuguohao

我有大概這樣一個文件，里面共有3列：（第一列為染色體編號；第二列為位置號（一二列合起來相當(dāng)于一個坐標(biāo)，是唯一的）；第三列為對應(yīng)堿基）
1  123   A
1  124   T
2  125   T
2  567   G
還有另一文件：共102列
1  123   NA   NA   NA   A  T  G  C  NA ……
1  124   G     T  NA    T   T   T   NA   C ……
2  125   T     NA   NA   A  T  G……
2  567   C     G   NA   A  T  G……

希望能把第二個文件中NA替換掉，改成第一個文件中的第三列的堿基，而原本有堿基的則不改變，寫了好久都不對，懇請各位前輩賜教該如何寫這個腳本？

sunslj

把第一個文件的前兩列做key,第三列做value。讀取第二個文件時，循環(huán)2。。101，匹配‘NA’，替換成哈希值

niuguohao

非常感謝您的回復(fù)！但是好像還有一點(diǎn)點(diǎn)小問題，最后得到的結(jié)果文件只有三列，應(yīng)該是只替換了每行的第一個NA ?
麻煩大神指點(diǎn)~~

OUT結(jié)果如下：
[niuguohao@su01 new]$ more out.vcf
BAUE01023895.1  11793   A
BAUE01023895.1  11796   A
BAUE01023895.1  11805   A
BAUE01023895.1  13077   C
BAUE01023895.1  13349   A
BAUE01023895.1  13364   C
BAUE01023895.1  1472    C
BAUE01023895.1  1492    C
BAUE01023895.1  16762   C
BAUE01023895.1  18222   G
BAUE01023895.1  18465   G
BAUE01023895.1  18466   T
BAUE01023895.1  18498   G
BAUE01023895.1  18665   G
BAUE01023895.1  18677   C
BAUE01023895.1  18683   C
BAUE01023895.1  18687   T
……

niuguohao

sunslj 發(fā)表于 2018-01-03 17:35
把第一個文件的前兩列做key,第三列做value。讀取第二個文件時，循環(huán)2。。101，匹配‘NA’，替換成哈希值

非常感謝您的回復(fù)！但是好像還有一點(diǎn)點(diǎn)小問題，最后得到的結(jié)果文件只有三列，應(yīng)該是只替換了每行的第一個NA ?
麻煩大神指點(diǎn)~~

OUT結(jié)果如下：
[niuguohao@su01 new]$ more out.vcf
BAUE01023895.1  11793   A
BAUE01023895.1  11796   A
BAUE01023895.1  11805   A
BAUE01023895.1  13077   C
BAUE01023895.1  13349   A
BAUE01023895.1  13364   C
BAUE01023895.1  1472    C
BAUE01023895.1  1492    C
BAUE01023895.1  16762   C
BAUE01023895.1  18222   G
BAUE01023895.1  18465   G
BAUE01023895.1  18466   T
BAUE01023895.1  18498   G
BAUE01023895.1  18665   G
BAUE01023895.1  18677   C
BAUE01023895.1  18683   C
BAUE01023895.1  18687   T
……

niuguohao

非常不好意思，謝謝大神�。。〈�碼是對的，我自己搞錯了。非常感謝�。。�