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標(biāo)題: 相關(guān)行的數(shù)據(jù)處理 [打印本頁(yè)]
作者: gooderpan    時(shí)間: 2016-12-20 17:09
標(biāo)題: 相關(guān)行的數(shù)據(jù)處理
本帖最后由 gooderpan 于 2016-12-20 17:15 編輯

有一個(gè)文件file：（tab分隔）
CASP8        ID:841  Predicted
BIOSYSTEM:169493  377873  1269170  213780
BIOSYSTEM:1270288  1270261  1270287

PIK3CD        ID:5293  Predicted
BIOSYSTEM:1269171  169493  373889

FCAR        ID:2204  Predicted
BIOSYSTEM:153910  153859  With_TAP2
BIOSYSTEM:171867  153910
BIOSYSTEM:153910  153859  With_HLA-B
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
以每個(gè)基因?yàn)槊啃械拈_頭，將后續(xù)每行接入其后面，想要得到的結(jié)果如下：
CASP8        ID:841  Predicted  BIOSYSTEM:169493  377873  1269170  213780  BIOSYSTEM:1270288  1270261  1270287
PIK3CD        ID:5293  Predicted  BIOSYSTEM:1269171  169493  373889
FCAR        ID:2204  Predicted    BIOSYSTEM:153910  153859  With_TAP2    BIOSYSTEM:171867  153910  BIOSYSTEM:153910  153859   With_HLA-B
請(qǐng)問(wèn)大神們，該怎么處理呢？？？謝謝啦��！
作者: moperyblue    時(shí)間: 2016-12-20 17:21

  1. awk NF=NF RS= file
復(fù)制代碼

?
作者: sunzhiguolu    時(shí)間: 2016-12-20 18:06
  1. perl -00ne '@F=split(/\n/);print @F,"\n"' f
復(fù)制代碼
作者: moperyblue    時(shí)間: 2016-12-20 19:54

  1. sed '/ID:/{:a;N;/\n\s*$/!{s/\n/ /;ta};P};D' file
復(fù)制代碼
作者: sunzhiguolu    時(shí)間: 2016-12-20 19:58
  1. perl -00pe 's/\n(?!\z)/\t/g' f
復(fù)制代碼
作者: moperyblue    時(shí)間: 2016-12-20 23:07

  1. sed '/ID:/{h;d};H;$ba;/^\s*$/{:a;g;s/\n/ /gp};d' file
復(fù)制代碼
作者: gooderpan    時(shí)間: 2016-12-21 00:03
回復(fù) 5# sunzhiguolu
請(qǐng)問(wèn)大神，這個(gè)perl命令的含義是什么呀？？

作者: sunzhiguolu    時(shí)間: 2016-12-21 01:07
回復(fù) 7# gooderpan
perl -00pe 's/\n(?!\z)/\t/g' f
[attach]695766[/attach]


作者: sunzhiguolu    時(shí)間: 2016-12-21 01:07
回復(fù) 7# gooderpan
perl -00pe 's/\n(?!\z)/\t/g' f



作者: jcdiy0601    時(shí)間: 2016-12-21 09:20
  1. awk 'BEGIN{RS=""}{$1=$1;print}' file

  3. sed '/ID/{:a;N;/\nBIOSYSTEM/s/\n/ /;ta;P;D}' file
復(fù)制代碼
作者: fh21_xuejinlian    時(shí)間: 2016-12-21 11:13
awk  '$0!=""{ORS=" ";$1=$1}$0==""{ORS="\n"}1' file
作者: sditmaner    時(shí)間: 2016-12-21 13:11
回復(fù) 7# gooderpan
作者: gooderpan    時(shí)間: 2016-12-21 14:57
回復(fù) 5# sunzhiguolu
大神，請(qǐng)問(wèn)“?!\z”是什么意思呢？？還有“-00pe”的意思。

作者: sunzhiguolu    時(shí)間: 2016-12-21 16:37
CASP8        ID:841  Predicted
BIOSYSTEM:169493  377873  1269170  213780
BIOSYSTEM:1270288  1270261  1270287

PIK3CD        ID:5293  Predicted
BIOSYSTEM:1269171  169493  373889

FCAR        ID:2204  Predicted
BIOSYSTEM:153910  153859  With_TAP2
BIOSYSTEM:171867  153910
BIOSYSTEM:153910  153859  With_HLA-B
-00 啟用段落模式，將每種顏色的所包含的記錄作為一條邏輯記錄
-p 處理完成后自動(dòng)打印
-e 將后面的字符串作為腳本進(jìn)行處理
(?!\z) 否定順序環(huán)視
作者: qinwei1314ai    時(shí)間: 2016-12-22 13:55
用數(shù)組一點(diǎn)一點(diǎn)的實(shí)現(xiàn)，方法比較簡(jiǎn)單，但很繁瑣，如下：
  1. awk 'NR==1{a[1]=$0}NR==2{a[2]=$0}NR==3{print a[1],a[2],$0}NR==4{a[3]=$0}NR==5{print a[3],$0}NR==6{a[4]=$0}NR==7{a[5]=$0}NR==8{a[6]=$0}NR==9{print a[4],a[5],a[6],$0}' file
復(fù)制代碼
作者: qinwei1314ai    時(shí)間: 2016-12-22 13:57
用數(shù)組一點(diǎn)一點(diǎn)的實(shí)現(xiàn)，方法比較簡(jiǎn)單，但很繁瑣，如下：
  1. awk 'NR==1{a[1]=$0}NR==2{a[2]=$0}NR==3{print a[1],a[2],$0}NR==4{a[3]=$0}NR==5{print a[3],$0}NR==6{a[4]=$0}NR==7{a[5]=$0}NR==8{a[6]=$0}NR==9{print a[4],a[5],a[6],$0}' file
復(fù)制代碼
作者: qinwei1314ai    時(shí)間: 2016-12-22 13:58
用數(shù)組一點(diǎn)一點(diǎn)的實(shí)現(xiàn)，方法比較簡(jiǎn)單，但很繁瑣，如下：
  1. awk 'NR==1{a[1]=$0}NR==2{a[2]=$0}NR==3{print a[1],a[2],$0}NR==4{a[3]=$0}NR==5{print a[3],$0}NR==6{a[4]=$0}NR==7{a[5]=$0}NR==8{a[6]=$0}NR==9{print a[4],a[5],a[6],$0}' file
復(fù)制代碼
作者: qinwei1314ai    時(shí)間: 2016-12-22 13:58
用數(shù)組一點(diǎn)一點(diǎn)的實(shí)現(xiàn)，方法比較簡(jiǎn)單，但很繁瑣，如下：
  1. awk 'NR==1{a[1]=$0}NR==2{a[2]=$0}NR==3{print a[1],a[2],$0}NR==4{a[3]=$0}NR==5{print a[3],$0}NR==6{a[4]=$0}NR==7{a[5]=$0}NR==8{a[6]=$0}NR==9{print a[4],a[5],a[6],$0}' file
復(fù)制代碼






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